ועדת מוזיאון פועלת  כועדת היגוי פנימית הקובעת את מדיניות הפיתוח המדעי-מקצועי ואת יעדי התקציב של אוספי הטבע. חבריה הם מנהל/ת המוזיאון (יו"ר), האוצרים, אוצרים נלווים שיש להם עניין בכך, המנהל/ת האדמיניסטרטיבי/ת, מנהל צוות האנטומולוגיה ומנהלת קמפוס טבע. 

חברים בוועדה:
  • תמר דיין – יו"ר
  • אמיר איילי
  • רויטל בן-דוד-זסלו
  • פרידה בן-עמי
  • יוני בלמקר
  • יעל גבריאלי
  • משה גרשון
  • מנחם גורן
  • רועי דור
  • נטע דורצ'ין
  • רועי הולצמן
  • דורותה הושון
  • ישראל הרשקוביץ
  • אברהם חפץ
  • יוסי יובל
  • דפנה לנגוט
  • הילה מאי
  • שי מאירי
  • אמנון פריידברג
  • גל ריבק
  • נועה שנקר
  • יינון שרף
  • נגה קרונפלד-שור