התפתחות מצעיר לבוגר
בתהליך ההתפתחות, הגנוטיפ בא לידי ביטוי בפנוטיפ ולעיתים חושף עדויות לתהליך האבולוציה שעבר המין.
התפתחות היא התהליך שבו עובר הופך ליצור בוגר ובסופו של דבר מת. במהלך ההתפתחות, הגנוטיפ של היצור בא לידי ביטוי כפנוטיפ, וחושף את הגנים לתהליך של ברירה טבעית. חקר ההתפתחות חשוב למחקר הביולוגיה האבולוציונית מכמה סיבות:
הסבר לשינויים אבולוציוניים מרכזיים – שינויים בגנים שמבקרים את תהליך ההתפתחות יכולים להשפיע באופן משמעותי על היצור הבוגר. מכיוון שהשפעות אלו משמעותיות כל כך, מדענים סבורים ששינויים בגנים התפתחותיים תרמו לתמורות אבולוציוניות רחבות-היקף. שינויים התפתחותיים יכולים להסביר כיצד יונקים בעלי פרסות עברו אבולוציה והפכו ליונקים ימיים, כיצד צמחי מים כבשו את היבשה וכיצד חסרי חוליות קטנים ובעלי שריון צימחו כנפיים.
למשל, מוטציות בגנים שמבקרים את ההתפתחות של זבובי פירות יכולים לגרום לשינויים משמעותיים בצורתם החיצונית, כמו התפתחות שני זוגות כנפיים במקום זוג אחד, כפי שאפשר לראות בתמונה.
זבוב פירות עם שני זוגות כנפיים במקום זוג אחד בלבד
ודוגמה נוספת: מוטציה בגן התפתחותי אחר של זבובי פירות יכולה לגרום לכך שיגדלו להם רגליים במקום שבו יש להם בדרך כלל מחושים.
זבובי פירות עם רגליים שגדלו במקום שבו יש בדרך כלל מחושים
חקר ההיסטוריה האבולוציונית – ההתפתחות של היצור יכולה לרמוז על ההתפתחות האבולוציונית שלו. במקרים רבים, עוברים של מינים שונים דומים זה לזה, ורק בשלבי התפתחות מאוחרים מופיעים הבדלים בין המינים השונים. מכך אנו מסיקים שלמינים אלו אב קדמון משותף, שהוריש להם את שלבי ההתפתחות הראשוניים הדומים.
הומולוגיה בין עוברים של טטרפודים
הגבלת השינוי האבולוציוני – תהליכים התפתחותיים יכולים להגביל את האבולוציה, ולמנוע מתכונות מסוימות בשושלות מסוימות לעבור אבולוציה. לדוגמה, ההתפתחות יכולה להסביר מדוע אין הולך על ארבע שהוא בעל שש אצבעות אמיתיות.