يهاجر في كلّ عام حوالي 500 مليون طائر فوق أراضي إسرائيل، بسبب موقعها الفريد كجسر برّيّ بين ثلاث قارّات – أوروبّا، آسيا وإفريقيا. تهاجر معظم الطيور في الخريف إلى إفريقيا، وفي الربيع تعود إلى أوروبّا وآسيا؛ بعضها تبقى في إسرائيل في الشتاء (شتويّة) أو تعود لغرض التعشيش هنا في الصيف.

تهاجر معظم الطيور الكبيرة عن طريق التحليق، من خلال الاستفادة من التيّارات الهوائيّة الدافئة التي ترتفع من الأرض أثناء النهار، وبالتالي فإنّها تتجنّب العبور فوق البحر وتفضّل أن تطير في مسار أطول فوق اليابسة. الطيور الصغيرة مثل الطيور المغرّدة لا تهاجر عن طريق التحليق. عادة ما تهاجر في الليل، لتجنّب الحيوانات المفترسة والتمتّع بدرجات حرارة مريحة. وغالبًا ما تفضّل هي أيضًا الهجرة فوق اليابسة، عبر مسار يتيح لها التوقّف للراحة والتزوّد بالطعام.

يوضّح عرض الطيور المهاجرة، المعلّق في حيّز مدخل المتحف، تحليق الطيور في سماء إسرائيل – من الشفشافة، وهي أصغر طائر في المعرض، إلى البجعة البيضاء الكبيرة، وهي الطير الأكبر في المعرض. يُعرض حوالي 65 طائرًا في المعرض، من بينها العقاب المخطّط، وهو طائر جارح مهدّد بالانقراض يعشّش في البلاد، والكركيّ الشائع، الذي يأتي كلّ عام لقضاء الشتاء في بحيرة الحولة.