רבים מנחלי ישראל נתונים בעקה רבת שנים כתוצאה מזיהום, התייבשות והסדרה. תהליך שיקום נחלים מחייב טיפול בכלל גורמי ההפרעה: מניעת זיהום ושיפור איכות המים, שיקום הידרולוגי, שיקום צומח הגדות ומגוון בתי גידול.

השפעות אדם

כמדינה על סְפָר המדבר, ישראל סובלת ממצוקת מים טבעית ותחרות על משאבי המים בין צרכי האדם והטבע. שאיבת האקוות לצרכי שתייה ולצרכים חקלאיים ושימוש ישיר בנחלים כנקזים של קולחים ושפכים, פגעו קשות בתפקודם של מרבית נחלי החוף של מדינת ישראל. על כך נוספו פעולות לניקוז והסדרה הכוללות  יישור פיתולים, הרחבה והעמקה של הערוץ וסילוק צומח הגדות למניעת הצפות בחורף. סילוק רצועת החיץ המעוצה, גרמה לעלייה בכמות הסחף החקלאי המכיל שאריות של דשנים וחומרי הדברה, המזיקים לבעלי החיים והצמחים בנחל.

ניתן לסווג את השפעות האדם על הנחלים לארבעה גורמים עיקריים:
א. ניצול המים לצרכי אדם: ייבוש מעיינות והתייבשות נחלי איתן והפיכתם לאכזביים
ב. הזרמה של שפכים או קולחים: זיהום המים וירידה באיכותם
ג. הסדרה לצרכי ניקוז: פגיעה בבתי גידול הטבעיים בנחל
ד. זיהום לא מוקדי ממקורות חקלאיים ועירוניים: העשרת הנחל בדשנים, חומרי הדברה, שמנים, דלקים ומתכות כבדות

אורך הנחלים בהם זורמים שפכים וקולחים הוא פי 5 יותר מאשר מים ממקורות טבעיים

שיקום נחלים

מנקודת מבט היסטורית, אנו נמצאים כיום בעיצומו של תהליך שיפור מתמשך במצב הנחלים, אשר נמשך כשלושה עשורים וצפוי להמשך עוד כעשור לפחות. הקמתה של מנהלה ארצית לשיקום נחלים אשר לוותה בחקיקה מתאימה העניקה לרשויות הניקוז סמכויות של רשויות נחלים להגנה ולשיקום ולטבע זכות כצרכן מים לגיטימי. פעולות לשיקום נחלים, הכוללות צמצום מקורות זיהום ושיפור באיכות הקולחים המוזרמים לנחלים, שיחרור מי מעיינות לטובת הטבע, שיקום מבני והשבת פיתולים, ויישום שיטות מקיימות להגנה וויסות שיטפונות, הביאו לשיפור מסוים במצבם של חלק ממקווי המים בארץ.

למשל, מורד נחל הקישון שהיה הנחל המזוהם בישראל, מצוי בתהליך של שיקום ממושך, והפך מנחל שבו לא התקיימו חיים כלל (מלבד חיידקים), לנחל שבו ניתן למצוא שוב מיני דגים וחסרי חוליות האופיניים לנחלי החוף של ישראל. 

על מנת להבטיח את הצלחת התהליך, קיימת חשיבות מכרעת לשיתוף פעולה בין הגופים העוסקים בשיקום נחלים: רשות המים (הקצאת מים וטיפול בשפכים), המשרד להגנת הסביבה (ניטור ופיקוח), רשות הטבע והגנים (הגנה על המגוון הביולוגי), הקרן הקיימת (שיקום צומח וגדות). הרחבה על נושא שיקום נחלים ניתן למצוא באתר המשרד להגנת הסביבה, רשות הטבע והגנים, רשויות ניקוז ונחלים ואחרים (למשל רשות ניקוז ונחלים קישון, רשות נחל קישון, רשות ניקוז ירדן דרומי, רשות נחל הירקון).

כיום נחלים נקיים וזורמים באופן טבעי נותרו בעיקר באגן הכנרת, והם מהווים מוקד משיכה למאות אלפי מטיילים ונופשים מדי שנה. בנחלים אלו, איכות המים הגבוהה ומשטר הזרימה הטבעי, תומכים במגוון של צמחים ובעלי חיים ייחודיים, בהם חסרי חוליות (עלוקות, סרטנים, רכיכות, חרקים), דגים, דו-חיים, עופות ויונקים. חלק ממינים אלו רגישים לשינויים בתנאי הסביבה ומספרם יפחת עם ההרעה בתנאים. לעומתם, מינים אחרים העמידים לזיהום והתייבשות, עשויים לשגשג בתנאים אלו ומספרם בנחל הפגוע יעלה. השינויים בהרכב החברה משמשים לכימות מידת הפגיעה והערכת המצב האקולוגי של הנחל. עוד על נושא הניטור הביולוגי ניתן לקרוא כאן (ניטור ביולוגי של נחלים).