יחסי קרבה אבולוציוניים

המפתח להבנת יחסי הקרבה בין מינים הוא האבות הקדומים המשותפים; בעץ פילוגנטי, אב קדמון משותף מוצג כנקודת פיצול של שני ענפים.
לכל קבוצה של טקסונים יש איזשהו אב קדמון משותף אחרון, שהוא האב הקדמון הצעיר ביותר שמשותף לכל הטקסונים הללו. כדי למצוא אותו, כל שצריך לעשות הוא לעקוב אחר שושלת הטקסונים שמעניינים אותנו, מקצות הענפים אחורה בזמן, עד שהם ייפגשו. הצומת שבו הטקסונים נפגשים מייצג את האב הקדמון המשותף האחרון שלהם.

קליידים בתוך קליידים
קל לזהות קליידים בעץ הפילוגנטי: דמיינו שאתם קוצצים ענפים בעץ – כל השושלות ששייכות לענף שקצצתם יוצרות יחד קלייד. אם נזקקתם ליותר מחיתוך אחד כדי להפריד קבוצת ענפים, ענפים אלה לא מהווים קלייד… קבוצות שאינן קליידים נקראות קבוצות פוליפילטיות או פאראפילטיות.

שימו לב: קליידים קטנים נכללים בתוך קליידים גדולים יותר, או, במילים אחרות, קליידים מקננים זה בתוך זה. למשל, המין האנושי יוצר קלייד שהוא ענף יחיד בתוך קלייד גדול יותר של שושלת ההומינידים, שהיא בעצמה קלייד בתוך קלייד גדול יותר של שושלת היונקים, וכך הלאה, עד שמגיעים לקלייד הגדול ביותר – עץ החיים כולו.