מדי שנה בשנה, כ-500 מיליון ציפורים נודדות מעל שטחה של ישראל, בשל מיקומה הייחודי כגשר יבשתי בין שלוש יבשות – אירופה, אסיה ואפריקה. בסתיו רוב הציפורים נודדות לאפריקה, ובאביב הן שבות לאירופה ואסיה; מקצתן שוהות בישראל בחורף (חורפות) או שבות לקנן כאן בקיץ.

רוב העופות הגדולים נודדים בדאייה, באמצעות ניצול זרמי אוויר חמים העולים מן הקרקע במשך היום, ולכן הם נמנעים ממעבר מעל הים ומעדיפים לעוף במסלול ארוך יותר מעל היבשה.
ציפורים קטנות כגון ציפורי שיר אינן דואות. בדרך כלל הן נודדות בלילה, כדי להימנע מטורפים וליהנות מטמפרטורות נוחות. לרוב גם הן מעדיפות לנדוד מעל היבשה, בתוואי שמאפשר עצירות למנוחה ולהצטיידות במזון.

מיצג העופות הנודדים, התלוי בחלל הכניסה למוזיאון, מדגים את מעוף הציפורים בשמי ישראל – מעַלְוִית החורף, שהיא הציפור הקטנה ביותר בתצוגה, ועד לשקנאי המצוי, שהוא הציפור הגדולה ביותר בתצוגה. בתערוכה מוצגות כ-65 ציפורים, ביניהן העיט הניצי, עוף דורס בסכנת הכחדה המקנן בארץ, והעגור האפור, המגיע בכל שנה לבלות את החורף באגמון החולה.