סיור במוזיאון יכלול הדרכה בכשלוש מתערוכות המוזיאון, בהתאם להתנהלות הקבוצה ו/או הנושא המבוקש. הדרכה במוזיאון מאפשרת התמקדות בנושאים שונים, אך חשוב לציין כי לא ניתן לראות את כל התערוכות בביקור אחד. יש אפשרות לתיאום סדרת הדרכות בסיוע אגף החינוך ותקשורת מדע תוך קישור לתכנית הלימודים.

בגן הבוטני ע"ש יהודה נפתלי, הסמוך לבניין המוזיאון, ישנה תצוגה של צומח ארץ ישראל ושכנותיה, וכן תצוגות של אוספי צמחים מיוחדים מרחבי העולם ההופכים את הגן ל'מוזיאון חי' ודינמי של עולם הצומח על היבטיו השונים. בגן מתנהלים מחקרים אקולוגיים ובוטניים שונים, והוא משמש כמעבדה לחקר מינים של צמחי בר נדירים ובסכנת הכחדה, וגם מקלט לאותם צמחים במטרה לשמר את מגוון המינים של צמחי ישראל. כיום מצויים בגן כ-3800 מיני צמחים מהארץ ומהעולם.

שילוב סיורים בביקור אחד: הדרכה של כ-60 דקות בתערוכות המוזיאון בתוספת הדרכה של כ-60 דקות בגן הבוטני ע"ש יהודה נפתלי. הסיור במוזיאון יכלול עד שלוש תערוכות בהתאם להתנהלות הקבוצה ו/או הנושא המבוקש. הסיור בגן הבוטני יערך על פי הנושא המבוקש ובהתאם לתנאי השטח ומזג האוויר.

מסע מדעי בנושאים הקשורים לתכנית הלימודים, בו מתקיים סיור באורך כפול (כ-90 דקות) במגוון תערוכות המוזיאון וסדנת חקר שבה התלמידים יבחנו מוצגי אוסף ויתעמקו בנושא הנבחר. בין הנושאים המוצעים: המגוון הביולוגי ואנחנו, שינוי האקלים, אבולוציה, מארגי מזון בטבע ועוד
התוכנית מיועדת לתלמידי כיתות ד'-י"ב.
לפירוט הנושאים והפעילויות על פי שכבת גיל:
לכיתות ד'-ו' >> מוזיאון הטבע – קטלוג פעילויות יסודי תשפג
לכיתות ז'-ט' >> מוזיאון הטבע – קטלוג פעילויות חטב תשפג
לכיתות י'-יב' >> מוזיאון הטבע – קטלוג פעילויות תיכון תשפג

ניתן להרחיב ליום מדע, יום פעילות חוויתי של 210 דקות (כ-3.5 שעות),  בתוספת הרחבה לבחירה: סיור בגן הבוטני, סדנת חקר בגלריה או הרחבה של ההדרכה בתערוכות המוזיאון (בהתאם לנושא הנבחר).