בתי הגידול הימיים הייחודים של שמורת הטבע של ראש הנקרה נמצאים תחת איום בשל פיתוח עירוני מואץ על החוף. בנוסף, נפגעת השמורה, הממוקמת על החלק הצפוני ביותר של החוף, מלחצי פיתוח נוספים ומדיג. 

כדי לתכנן טוב יותר את שימור בתי הגידול הייחודיים והמגוון הביולוגי של השמורה, ביצעו ד"ר מנחם גורן מאוניברסיטת תל אביב וד"ר בלה גליל מהמכון לחקר ימים ואגמים בישראל מחקר נרחב על המערכת האקולוגית של האזור. את המחקר יזם ותאם ד"ר ראובן אורטל מרשות הטבע והגנים תחת החסות של RAC/SPA (The Regional Activity Centre for Specially Protected Areas). 
תוצאות המחקר משמשות קבוצות בין-לאומיות בתכנון ממשק ניהול לשמורה. 

הפרויקט כלל שלושה מסעות מחקר (שלושה-חמישה ימים כל אחד) ועבודת מעבדה בהמשך. 
במהלך הפרויקט נאספו והוגדרו 200 מינים של דגים, רכיכות, סרטנים, קווצי-עור, ספוגיים וסלילניים. פרטים אלו הופקדו באוספי הטבע. רבים מן המינים תועדו לראשונה בצפון ישראל ואחדים היו אף חדשים לאזור מזרח הים-התיכון (הלבנט). 

את המשלחות הובילו ד"ר מנחם גורן מאוניברסיטת תל אביב, פרופ' בלה גליל מהמכון לחקר ימים ואגמים וד"ר אלפונסו רמוס מאוניברסיטת אליקנטה, ספרד. אליהם הצטרפו סטודנטים וחוקרים מאוניברסיטת תל אביב, מהמכון לחקר ימים ואגמים, מהמכללה הימית ברופין ומרשות הטבע והגנים. 

אוספים