WhatsAppאוספי המוזיאון כוללים פריטים שנאספו מאז סוף המאה ה-19 כמו אוסף האב שמיץ (המוצג בתערוכת אוצר האוספים במוזיאון). מדי שנה בשנה נוספים עשרות אלפי פריטים חדשים בזכות עבודות האיסוף, המעקב, ההוראה והמחקר של צוות המוזיאון.
כיום אין ציד פעיל של עופות או יונקים, רוב הפוחלצים והשלדים באוספים ובתצוגה הם בעלי חיים שמתו בשדה ונאספו על ידי אנשי רשות הטבע והגנים או הגיעו מגני חיות כגון הספארי ברמת גן וגן החיות התנכ"י בירושלים. כמו כן, בעלי חיים שלא ניתן להצילם מגיעים למוזיאון מבית החולים לחיות בר.
אנו אסירי תודה לארגונים אלו על השותפות החשובה במאמץ לתעד וללמוד את הטבע בארץ ולתרום להשכלת הציבור והנאתו.
דגים וחסרי חוליות ימיים ויבשתיים נאספים במחקרים שנעשים אך ורק בהיתרים של רשות הטבע והגנים. כמו כן, חברי צוות שימור האוסָפים יוצאים למסעות איסוף בחו"ל כחלק מתכניות המחקר לחקר המגוון הביולוגי ברחבי העולם.
